1、機構采購國產設備全額退還增值稅應如何備案？
答：根據《國家稅務總局關于發布<研發機構采購國產設備增值稅退稅管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2020年第6號）第五條規定，研發機構享受采購國產設備退稅政策，應于首次申報退稅時，持以下資料向主管稅務機關辦理退稅備案手續：
（一）符合91號公告第一條、第二條規定的研發機構資質證明資料。
（二）內容填寫真實、完整的《出口退（免）稅備案表》。該備案表在《國家稅務總局關于出口退（免）稅申報有關問題的公告》（2018年第16號）發布。其中，“企業類型”選擇“其他單位”：“出口退（免）稅管理類型”依據資質證明材料填寫“內資研發機構（簡寫：內資機構）”或“外資研發中心（簡寫：外資中心）”；其他欄次按填表說明填寫。
（三）主管稅務機關要求提供的其他資料。
本辦法下發前，已辦理采購國產設備退稅備案的研發機構，無需再次辦理備案。
第六條規定，研發機構備案資料齊全，《出口退（免）稅備案表》填寫內容符合要求，簽字、印章完整的，主管稅務機關應當予以備案。備案資料或填寫內容不符合要求的，主管稅務機關應一次性告知研發機構，待其補正后再予備案。
2、機構采購國產設備全額退還增值稅后，設備改作他用應如何處理？
答：根據《國家稅務總局關于發布<研發機構采購國產設備增值稅退稅管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2020年第6號）第十七條規定，已辦理增值稅退稅的國產設備，自增值稅發票開具之日起3年內，設備所有權轉移或移作他用的，研發機構須按照下列計算公式，向主管稅務機關補繳已退稅款。
應補繳稅款=增值稅發票上注明的稅額×（設備折余價值÷設備原值）
設備折余價值=增值稅發票上注明的金額-累計已提折舊
累計已提折舊按照企業所得稅法的有關規定計算。
3、機構采購國產設備全額退還增值稅應在什么時間內申報？
答：根據《國家稅務總局關于發布<研發機構采購國產設備增值稅退稅管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2020年第6號）第十一條規定，研發機構采購國產設備退稅的申報期限，為采購國產設備之日（以發票開具日期為準）次月1日起至次年4月30日前的各增值稅納稅申報期。
2019年研發機構采購國產設備退稅申報期限延長至2020年8月31日前的各增值稅納稅申報期。
4、機構采購國產設備全額退還增值稅應向哪個稅務機關申請？
答：根據《國家稅務總局關于發布<研發機構采購國產設備增值稅退稅管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2020年第6號）第四條規定，主管研發機構退稅的稅務機關（以下簡稱“主管稅務機關”）負責辦理研發機構采購國產設備退稅的備案、審核、核準及后續管理工作。
5、機構采購國產設備進項發票已經抵扣，是否可以申請全額退還增值稅？
答：根據《國家稅務總局關于發布<研發機構采購國產設備增值稅退稅管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2020年第6號）第十五條規定，研發機構采購國產設備取得的增值稅專用發票，已用于進項稅額抵扣的，不得申報退稅；已用于退稅的，不得用于進項稅額抵扣。
6、機構采購國產設備全額退還增值稅計稅依據是什么？
答：根據《國家稅務總局關于發布<研發機構采購國產設備增值稅退稅管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2020年第6號）第十四條規定，研發機構采購國產設備的應退稅額，為增值稅發票上注明的稅額。
7、機構采購國產設備全額退還增值稅備案情況發生變化應如何處理？
答：根據《國家稅務總局關于發布<研發機構采購國產設備增值稅退稅管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2020年第6號）第七條規定，已辦理備案的研發機構，《出口退（免）稅備案表》中內容發生變更的，須自變更之日起30日內，持相關資料向主管稅務機關辦理備案變更。
第八條規定，研發機構發生解散、破產、撤銷以及其他依法應終止采購國產設備退稅事項的，應持相關資料向主管稅務機關辦理備案撤回。主管稅務機關應按規定結清退稅款后，辦理備案撤回。
研發機構辦理注銷稅務登記的，應先向主管稅務機關辦理退稅備案撤回。
第九條規定，外資研發中心因自身條件發生變化不再符合91號公告第二條規定條件的，應自條件變化之日起30日內辦理退稅備案撤回，并自條件變化之日起，停止享受采購國產設備退稅政策。未按照規定辦理退稅備案撤回，并繼續申報采購國產設備退稅的，依照本辦法第十九條規定處理。
8、研發機構、外資研發中心，發生重大涉稅違法失信行為后，是否還能享受采購國產設備全額退還增值稅政策？
答：一、根據《財政部、商務部、稅務總局關于繼續執行研發機構采購設備增值稅政策的公告》（財政部公告2019年第91號 ）第三條規定，經核定的內資研發機構、外資研發中心，發生重大涉稅違法失信行為的，不得享受退稅政策。具體退稅管理辦法由稅務總局會同財政部另行制定。相關研發機構的牽頭核定部門應及時將內資研發機構、外資研發中心的新設、變更及撤銷名單函告同級稅務部門，并注明相關資質起止時間。
二、根據《國家稅務總局關于發布<研發機構采購國產設備增值稅退稅管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2020年第6號）第十八條規定，研發機構涉及重大稅收違法失信案件，按照《國家稅務總局關于發布〈重大稅收違法失信案件信息公布辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2018年第54號）被公布信息的，研發機構應自案件信息公布之日起，停止享受采購國產設備退稅政策，并在30日內辦理退稅備案撤回。研發機構違法失信案件信息停止公布并從公告欄撤出的，自信息撤出之日起，研發機構可重新辦理采購國產設備退稅備案，其采購的國產設備可繼續享受退稅政策。未按照規定辦理退稅備案撤回，并繼續申報采購國產設備退稅的，依照本辦法第十九條規定處理。
第十九條規定，研發機構采取假冒采購國產設備退稅資格、虛構采購國產設備業務、增值稅發票既申報抵扣又申報退稅、提供虛假退稅申報資料等手段，騙取采購國產設備退稅的，主管稅務機關應追回已退稅款，并依照稅收征收管理法的有關規定處理。
9、機構采購國產設備全額退還增值稅申報應提交什么資料？
答：根據《國家稅務總局關于發布<研發機構采購國產設備增值稅退稅管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2020年第6號）第十二條規定，已備案的研發機構應在退稅申報期內，憑下列資料向主管稅務機關辦理采購國產設備退稅：
（一）《購進自用貨物退稅申報表》。該表在《國家稅務總局關于發布〈出口貨物勞務增值稅和消費稅管理辦法〉的公告》（2012年第24號）發布。填寫該表時，應在備注欄填寫“科技開發、科學研究、教學設備”。
（二）采購國產設備合同。
（三）增值稅專用發票，或者開具時間為2019年1月1日至本辦法發布之日前的增值稅普通發票（不含增值稅普通發票中的卷票，下同）。
（四）主管稅務機關要求提供的其他資料。
上述增值稅專用發票，在增值稅發票綜合服務平臺上線后，應當已通過增值稅發票綜合服務平臺確認用途為“用于出口退稅”；在增值稅發票綜合服務平臺上線前，應當已經掃描認證通過，或者已通過增值稅發票選擇確認平臺勾選確認。
10、機構采購國產設備全額退還增值稅政策，適用于哪些研發機構？
答：根據《財政部、商務部、稅務總局關于繼續執行研發機構采購設備增值稅政策的公告》（財政部公告2019年第91號 ）規定，為了鼓勵科學研究和技術開發，促進科技進步，繼續對內資研發機構和外資研發中心采購國產設備全額退還增值稅。現將有關事項公告如下：
一、適用采購國產設備全額退還增值稅政策的內資研發機構和外資研發中心包括：
（一）科技部會同財政部、海關總署和稅務總局核定的科技體制改革過程中轉制為企業和進入企業的主要從事科學研究和技術開發工作的機構；
（二）國家發展改革委會同財政部、海關總署和稅務總局核定的國家工程研究中心；
（三）國家發展改革委會同財政部、海關總署、稅務總局和科技部核定的企業技術中心；
（四）科技部會同財政部、海關總署和稅務總局核定的國家重點實驗室（含企業國家重點實驗室）和國家工程技術研究中心；
（五）科技部核定的國務院部委、直屬機構所屬從事科學研究工作的各類科研院所，以及各省、自治區、直轄市、計劃單列市科技主管部門核定的本級政府所屬從事科學研究工作的各類科研院所；
（六）科技部會同民政部核定或者各省、自治區、直轄市、計劃單列市及新疆生產建設兵團科技主管部門會同同級民政部門核定的科技類民辦非企業單位；
（七）工業和信息化部會同財政部、海關總署、稅務總局核定的國家中小企業公共服務示范平臺（技術類）；
（八）國家承認學歷的實施專科及以上高等學歷教育的高等學校（以教育部門戶網站公布名單為準）；
（九）符合本公告第二條規定的外資研發中心；
（十）財政部會同國務院有關部門核定的其他科學研究機構、技術開發機構和學校。
二、外資研發中心，根據其設立時間，應分別滿足下列條件：
（一）2009年9月30日及其之前設立的外資研發中心，應同時滿足下列條件：
1.研發費用標準：（1）對外資研發中心，作為獨立法人的，其投資總額不低于500萬美元；作為公司內設部門或分公司的非獨立法人的，其研發總投入不低于500萬美元；（2）企業研發經費年支出額不低于1000萬元。
2.專職研究與試驗發展人員不低于90人。
3.設立以來累計購置的設備原值不低于1000萬元。
（二）2009年10月1日及其之后設立的外資研發中心，應同時滿足下列條件：
1.研發費用標準：作為獨立法人的，其投資總額不低于800萬美元；作為公司內設部門或分公司的非獨立法人的，其研發總投入不低于800萬美元。
2.專職研究與試驗發展人員不低于150人。
3.設立以來累計購置的設備原值不低于2000萬元。
外資研發中心須經商務主管部門會同有關部門按照上述條件進行資格審核認定。具體審核認定辦法見附件1.在2018年12月31日（含）以前，初次取得退稅資格或通過資格復審未滿2年的，可繼續享受至2年期滿。
11、構采購國產設備全額退還增值稅時，一些特殊情況稅務機關應如何審核？
答：根據《國家稅務總局關于發布<研發機構采購國產設備增值稅退稅管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2020年第6號）第十三條規定，屬于增值稅一般納稅人的研發機構申報采購國產設備退稅，主管稅務機關經審核符合規定的，應按規定辦理退稅。
研發機構申報采購國產設備退稅，屬于下列情形之一的，主管稅務機關應采取發函調查或其他方式調查，在確認增值稅發票真實、發票所列設備已按規定申報納稅后，方可辦理退稅：
（一）審核中發現疑點，經核實仍不能排除疑點的。
（二）增值稅一般納稅人使用增值稅普通發票申報退稅的。
（三）非增值稅一般納稅人申報退稅的。
（來源：國家稅務總局）