最近，國家稅務總局下發了《國家稅務總局關于跨地區經營建筑企業所得稅征收管理問題的通知》（國稅函[2010]156號）（簡稱《通知》，下同），對跨地區經營建筑企業所得稅征收管理問題進行了明確，對（國稅函[2010]39號）《關于建筑企業所得稅有關問題的通知》中的有關規定進行了調整和補充。
一、需就地預繳企業所得稅的范圍擴大。
《通知》規定，建筑企業所屬二級或二級以下分支機構直接管理的項目部（包括與項目部性質相同的工程指揮部、合同段等，下同）不就地預繳企業所得稅，其經營收入、職工工資和資產總額應匯總到二級分支機構統一核算，由二級分支機構按照國稅發[2008]28號文件規定的辦法預繳企業所得稅。在這里可以不就地預繳企業所得稅的條件是“二級或二級以下分支機構直接管理的項目部”。否則必須就地預繳企業所得稅。
而國稅函[2010]39號規定，建筑企業跨地區設立的不符合二級分支機構條件的項目經理部（包括與項目經理部性質相同的工程指揮部、合同段等），應匯總到總機構或二級分支機構統一計算，按照國稅發[2008]28號文件規定的辦法計算繳納企業所得稅。在這里只要“不符合二級分支機構條件的項目經理部”的條件，就可以不就地預繳企業所得稅。
如，某建筑企業總公司設在南京，并在上海、廣州設有分公司（均為二級分支機構）?？倷C構派出項目部在武漢施工，上海分公司派出項目部在杭州施工，廣州分公司派出項目部在長沙施工（武漢、杭州和長沙的項目部均為非二級分支機構）。如何預繳企業所得稅？
根據《通知》規定，杭州和長沙的項目部均是二級分支機構直接管理的項目部，不需要就地預繳企業所得稅。武漢項目部屬于總機構直接管理的跨地區設立的，應按項目實際經營收入按月或按季由總機構向項目所在地預分企業所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。
而按國稅函[2010]39號規定，武漢、杭州和長沙的項目部均屬于“不符合”二級分支機構條件的項目經理部，均不需要就地預繳企業所得稅，其收入應匯總到總機構或二級分支機構統一計算，再按照國稅發[2008]28號文件規定的辦法計算繳納企業所得稅。
由此可見，跨地區經營建筑企業，需要就地預繳企業所得稅的范圍，《通知》比國稅函[2010]39號規定的范圍大。
二、總機構直接管理的跨地區設立的項目部預繳比例和方式。
《通知》規定，建筑企業總機構直接管理的跨地區設立的項目部，應按項目實際經營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預分企業所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。
三、總機構應匯總計算企業應納所得稅的預繳方法。
《通知》規定了總機構應匯總計算企業應納所得稅的預繳方法：1、總機構只設跨地區項目部的，扣除已由項目部預繳的企業所得稅后，按照其余額就地納；2、總機構只設二級分支機構的，按照國稅發[2008]28號文件規定計算總、分支機構應繳納的稅款；3、總機構既有直接管理的跨地區項目部，又有跨地區二級分支機構的，先扣除已由項目部預繳的企業所得稅后，再按照國稅發[2008]28號文件規定計算總、分支機構應繳納的稅款。
四、置新強調外出經營活動稅收管理證明。
《通知》規定，跨地區經營的項目部（包括二級以下分支機構管理的項目部）應向項目所在地主管稅務機關出具總機構所在地主管稅務機關開具的《外出經營活動稅收管理證明》，未提供上述證明的，項目部所在地主管稅務機關應督促其限期補辦；不能提供上述證明的，應作為獨立納稅人就地繳納企業所得稅。同時，項目部應向所在地主管稅務機關提供總機構出具的證明該項目部屬于總機構或二級分支機構管理的證明文件。這一規定是對國稅函[2010]39號有關問題的進一步明確和補充。
五、匯繳主體、附送資料、適用范圍及執行時間。
《通知》規定，建筑企業總機構應按照有關規定辦理企業所得稅年度匯算清繳，各分支機構和項目部不進行匯算清繳。總機構年終匯算清繳后應納所得稅額小于已預繳的稅款時，由總機構主管稅務機關辦理退稅或抵扣以后年度的應繳企業所得稅；建筑企業總機構在辦理企業所得稅預繳和匯算清繳時，應附送其所直接管理的跨地區經營項目部就地預繳稅款的完稅證明；建筑企業在同一省、自治區、直轄市和計劃單列市設立的跨地（市、縣）項目部，其企業所得稅的征收管理辦法，由各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局、地方稅務局共同制定，并報國家稅務總局備案；《通知》自2010年1月1日起施行。