現將《國家稅務總局關于修改〈非居民企業所得稅核定征收管理辦法〉等文件的公告》的有關內容，解讀如下：
一、 發文背景
《國務院關于取消和調整一批行政審批項目等事項的決定》（國發〔2015〕11號）和《國務院關于取消和下放一批行政審批項目的決定》（國發〔2014〕5號），取消了主管稅務機關對非居民企業適用行業及所適用的利潤率審核、境外注冊中資控股居民企業選擇主管稅務機關批準和主管稅務機關變更審批、非居民企業股權轉讓選擇特殊性稅務處理核準事項。為此，需對《非居民企業所得稅核定征收管理辦法》（國稅發〔2010〕19號）、《境外注冊中資控股居民企業所得稅管理辦法（試行）》（國家稅務總局公告2011年第45號發布）和《國家稅務總局關于非居民企業股權轉讓適用特殊性稅務處理有關問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第72號）有關條款進行修訂，此次修訂主要是為了適應取消行政審批事項及加強后續管理要求。
二、主要調整的內容
（一）對《非居民企業所得稅核定征收管理辦法》的修改
非居民企業核定征收的相關規定，是根據稅收征管法第三十五條，稅務機關依職權對無法據實征收的非居民企業的一項征管行為，不是以納稅人申請為前提的，為避免歧義對相關表述進行修改，刪除該條第二款，進一步規范核定征收程序及工作要求，規定了辦理時限，修改關于“審核”的表述。同時，對《非居民企業所得稅征收方式鑒定表》做相應修改。
（二）對《境外注冊中資控股居民企業所得稅管理辦法（試行）》的修改
就目前的稅收法律法規的相關規定看，企業實際管理機構的概念及其所在地的判定標準還不夠清晰，據此確定主管稅務機關往往有爭議，如果對境外注冊中資控股居民企業主管稅務機關不事先明確，會增加征納雙方的不確定性和征管成本。為此，稅務總局已在《國家稅務總局關于依據實際管理機構標準實施居民企業認定有關問題的公告》（2014年第9號），對《國家稅務總局關于境外注冊中資控股企業依據實際管理機構標準認定為居民企業有關問題的通知》（國稅發〔2009〕82號，以下簡稱《通知》）有關條款進行了修訂，規定符合《通知》第二條規定的居民企業認定條件的境外中資企業，須向其中國境內主要投資者登記注冊地主管稅務機關提出居民企業認定申請。本公告在此基礎上，進一步明確了境外注冊中資控股居民企業主管稅務機關為其中國境內主要投資者登記注冊地主管稅務機關，取消境外注冊中資控股居民企業選擇主管稅務機關批準和主管稅務機關變更審批。
（三）對《關于非居民企業股權轉讓適用特殊性稅務處理有關問題的公告》的修改
非居民企業股權轉讓選擇特殊性稅務處理核準，該項行政審批已通過國家稅務總局2013年第72號公告將其調整為備案管理，但是72號公告第七條當中“非居民企業股權轉讓未進行特殊性稅務處理備案，適用一般性稅務處理規定，應按照有關規定繳納企業所得稅”的規定，容易造成在執行當中作為事前核準性備案方式，變相實施審批，故取消該規定。稅務機關要結合日常征管，加強非居民企業股權轉讓適用特殊性稅務處理的管理，發現非居民企業股權轉讓適用特殊性稅務處理未進行備案的，應告知其按照本公告第二條、第三條的規定辦理備案手續。對非居民企業股權轉讓適用特殊性稅務處理不履行備案手續的，稅務機關將按征管法及其實施細則的有關規定處理。
（來源：國家稅務總局）